¡Hola!
Puedes añadir solo un logo en el Especial:ThemeDesigner (hasta donde sé) que se verá en tanto modo oscuro como claro; podrías intentar añadir el tuyo de ese color. Hay programas en internet para cambiarle el color (en última instancia con PowerPoint se puede).
Fuera de ello, no sé con precisión a qué te refieres.
¡Un saludo!